En 2002 se declaró a San Miguel como Pueblo Mágico,9​ siendo retirado este título en 2008 debido a que el 7 de julio de 2008 fue inscrita por la Unesco como Patrimonio cultural de la Humanidad, bajo el título de Villa Protectora de San Miguel y Santuario de Jesús Nazareno de Atotonilco, la distinción se otorgó debido a su aporte cultural y arquitectónico al Barroco mexicano y por ser crisol de influencias mutuas entre la cultura española, la criolla y la indígena, y constituye un ejemplo excepcional del intercambio cultural entre Europa y América Latina.

En 2017 fue nombrada por la revista Travel + Leisure como la mejor ciudad del mundo por su calidad en el servicio, amabilidad, gastronomía, limpieza, experiencia de compras y movilidad además de su gran aportación cultural, belleza arquitectónica, y lugares de diversión.